Tháng 5 năm 2011, có tin báo là Nabagesera sẽ được trao Giải Martin Ennals.[1] Ngày 13.10.2011, cô đã nhận giải này ở Genève. Theo Michelle Kagari của tổ chức Ân xá Quốc tế, thì giải này nhằm "công nhận lòng dũng cảm lớn lao của Nabagesera khi phải đối mặt với bạo lực và sự phân biệt đối xử với những người đồng tính luyến ái ở Uganda. Niềm say mê thúc đẩy sự bình quyền và việc làm không mệt mỏi của cô nhằm chấm dứt bầu không khí sợ hãi là một nguồn cảm hứng cho những nhà hoạt động bảo về quyền của người đồng tính luyến ái trên khắp thế giới..."[13]